În ultima vreme foarte multă lume își dezinstalează aplicația de Facebook Messenger din cauza unor temeri nejustificate. Oamenii se tem că aplicația Facebook Messenger îi poate spiona, poate folosi agenda pentru a suna sau trimite mesaje și poate controla total telefonul mobil.
De când Messenger a devenit o aplicație separată de Facebook, au început să curgă reclamațiile legate de faptul că această aplicație încalcă dreptul la intimitate.