Debutul în prima divizie a lui Flavius Stoican s-a produs în 1995, atunci când acesta a jucat primul său meci la Universitatea Craiova. În 2002, el s-a transferat la Dinamo, pentru a pleca apoi la Şahtior Doneţk în 2003. S-a reîntors în Ştefan cel Mare pentru sezonul 2007-2008, totalizând 36 de meciuri şi un gol în tricoul ”alb-roşu”. Între 1999 şi 2005, Stoican a strâns şi 18 prezenţe în prima reprezentativă a Românei. El a mai antrenat pe CS Minerul Valea Copcii, Minerul Mehedinţi şi CSM Şcolar Reşiţa, toate echipe de Liga a III-a. "Când am lăsat echipamentul am simţit un gol în stomac. Întotdeauna o să ţin cu Dinamo, "câinii" vor fi mereu în sufletul meu, orice s-ar întâmpla", declara Stoican la despărţirea de Dinamo, în 2008.